W odróżnieniu od spółek osobowych spółka z o.o. może i musi posiadać w swoich strukturach pewne organy, które pozwolą jej funkcjonować jako osobie prawnej.
Zarząd:
W spółce z o.o. musi funkcjonować zarząd – organ przez którego spółka działa, a bez jego istnienia nie może ona funkcjonować. Tym przede wszystkim różnią się spółki kapitałowe od spółek osobowych, tutaj bowiem wspólnicy/właściciele nie działają „na zewnątrz” – spółka ta działa wyłącznie przez swoje organy, tj. zwłaszcza zarząd, który wykonuje co prawda wolę wspólników, ale bez jego istnienia spółka właściwie nie może prowadzić swoich spraw. Członkiem zarządu może być wyłącznie osoba fizyczna, o pełnej zdolności do czynności prawnych, nieskazana prawomocnym wyrokiem za przestępstwa określone w przepisach rozdziałów XXXIII–XXXVII Kodeksu karnego oraz w art. 585, art. 587, art. 590 i w art. 591 KSH. Funkcji członka zarządu nie można łączyć z funkcją członka rady nadzorczej/komisji rewizyjnej.
Nic nie stoi na przeszkodzie, aby wspólnicy spośród siebie wyznaczyli skład zarządu (nie muszą to być osoby „z zewnątrz”, spoza grona wspólników).
Rada nadzorcza/komisja rewizyjna:
Jej powołanie i istnienie nie jest wymagane przepisami w przypadku tej spółki, odmiennie niż w spółce akcyjnej. Poza tym wspólnikom przysługuje indywidualne prawo nadzoru, a także stanowiące prawo mniejszości uprawnienie do powołania biegłego rewidenta, wobec czego mają oni samodzielnie realną możliwość kontrolowania działań i poczynań zarządu.
Ustanowienie rady nadzorczej/komisji rewizyjnej jest obligatoryjne tylko w przypadku gdy łącznie kapitał zakładowy przewyższa kwotę 500 000 złotych oraz wspólników jest więcej niż 25.
Zgromadzenie Wspólników:
Wspólnicy stanowią wspólnie o sprawach dotyczących spółki. Wspólnicy wyrażają swoją wolę w formie uchwał (jako że jest to jedyna możliwość poczynienia ustaleń „kolektywnie”). Podejmowanie uchwał na zgromadzeniu wspólników jest podstawową formą podejmowania decyzji przez wspólników. Pewne kwestie mogą zapadać wyłącznie w tej formie. Uchwały mogą być podjęte bez odbycia zgromadzenia wspólników jeżeli wszyscy wspólnicy wyrażą na piśmie zgodę na postanowienie, które ma być powzięte, albo na głosowanie pisemne.